مشکلات و راه حل های رایج در فرآیند سنتز پپتید شامل جنبه های زیر است:
محتوای پپتیدی: محتوای پپتیدی به درصد مواد پپتیدی در یک نمونه نسبت به مواد غیر پپتیدی اشاره دارد. در محصولات پپتیدی، علاوه بر خود پپتید، اجزای غیر نمکی وارد شده در فرآیند تولید مانند آب، حلال های جذب شده، یون های هماهنگ کننده و نمک ها نیز گنجانده شده است.
پایداری شیمیایی:
واکنش دآمیداسیون: باقیمانده های Asn/Gln به راحتی هیدرولیز می شوند تا Asp/Glu را تشکیل دهند.
هیدرولیز: پیوندهای پپتیدی موجود در پپتیدها به راحتی با هیدرولیز شکسته می شوند، به ویژه پیوندهایی که با مشارکت Asp، به ویژه پیوندهای پپتیدی Asp Pro و Asp Gly ایجاد می شوند.
واکنش راسمی شدن: تمام باقی ماندههای اسید آمینه به جز Gly دارای اتمهای آلفای کربن کایرال هستند و تحت کاتالیز قلیایی مستعد واکنش راسمی شدن هستند. باقی مانده های Asp بیشتر مستعد واکنش های راسمی شدن هستند.
- تخریب حذف: Cys، Ser، Thr، Phe، Tyr و سایر باقیماندهها همگی میتوانند از طریق حذف تجزیه شوند، که بیشتر در pH قلیایی رخ میدهد و تحت تأثیر دما و یونهای فلزی است.
ثبات فیزیکی:
دناتوره شدن، جذب، تجمع یا رسوب: دناتوره شدن پپتید معمولاً با تخریب ساختارهای سوم و ثانویه مرتبط است. در حالت دناتوره، پپتیدها بیشتر مستعد واکنش های شیمیایی هستند و بازیابی فعالیت آنها دشوار است. واسطه ای که در طی فرآیند دناتوره سازی تشکیل می شود، حلالیت کمی دارد و مستعد تجمع و رسوب است.
حفظ:
بهترین شرایط نگهداری: پپتیدها عموماً به شکل پودر خشک شده با انجماد ذخیره می شوند که در درجه -20 بسیار پایدار است، به خصوص پس از خشک کردن انجماد و در خشک کن -20 درجه نگهداری می شود. اکثر پپتیدها را می توان در این دما برای چندین سال بدون تغییر نگهداری کرد. برای کاهش تأثیر رطوبت، پپتیدهای یخ زده باید قبل از قرار گرفتن در معرض هوا به دمای اتاق در شرایط خشک بازگردانده شوند.
بسته بندی: بیوتکنولوژی هشنگ بسته بندی کوچک را برای جلوگیری از تکرار چرخه های انجماد و ذوب، کاهش تعداد باز و بسته شدن ظروف، در نتیجه کاهش احتمال جابجایی نامناسب یا آلودگی باکتریایی و اطمینان از پایداری پپتیدها توصیه می کند.
تست خلوص:
ضمانت خلوص: تمام پپتیدهای تحویلی به خلوص لازم رسیده اند و پپتیدهایی که استاندارد را ندارند دور ریخته می شوند. نتایج تشخیص HPLC و MS می تواند خلوص و وزن مولکولی پپتید را تأیید کند، در حالی که ناخالصی های اصلی را نشان می دهد.
سایر روشهای تشخیص، مانند آنالیز اسید آمینه یا آنالیز عنصری، میتوانند ترکیب اسید آمینه پپتیدها را به عنوان ابزار تکمیلی تأیید پپتید تأیید کنند.
تکنولوژی سنتز:
سنتز پپتید فاز جامد: سنتز پپتید فاز جامد نیازی به خالص سازی محصولات میانی ندارد و این امکان را برای فرآیندهای سنتز مداوم فراهم می کند و پایه ای را برای اتوماسیون سنتز پپتید می گذارد. بر اساس سنتز شیمیایی Fmoc، پپتید هدف با پیوند کووالانسی گروه کربوکسیل اسید آمینه C ترمینال با یک رزین پلیمری نامحلول، و سپس شروع از گروه آمینه اسید آمینه سنتز شد.
محتوای فوق مشکلات و اقدامات متقابل رایج در سنتز پپتید را خلاصه می کند و جنبه های متعددی مانند پایداری شیمیایی، پایداری فیزیکی، شرایط ذخیره سازی، آزمایش خلوص و غیره را پوشش می دهد.