وظیفه گروههای محافظ جداسازی گروههای عاملی خاص در طول فرآیند سنتز، محافظت از آنها در برابر تداخل، و حذف گروههای محافظ پس از تکمیل واکنشهای خاص برای بازگرداندن فعالیت مولکول هدف است. فرآیند حذف گروه های محافظ معمولاً به شرایط ملایم نیاز دارد تا از آسیب رساندن به مولکول هدف جلوگیری شود. به عنوان مثال، روش حذف ROH از الکل های محافظت شده معمولاً تولید اترها (ROR ') یا استرها (ROCOR') و سپس هیدرولیز یا اسیدی کردن آنها در شرایط مناسب است.
به طور خلاصه، نقش گروههای محافظ در سنتز PNA بسیار مهم است، زیرا سنتز کارآمد مولکولهای پیچیده را تضمین میکند، از واکنشهای غیرهدف جلوگیری میکند، و در صورت لزوم میتواند بهطور انتخابی حذف شود تا محصولات PNA خالص به دست آید.