سلام! من به عنوان تأمین کننده پپتیدهای کاتالوگ ، دست اول را دیدم که چگونه این مولکولهای کوچک نقش مهمی در تجزیه و تحلیل تعامل پروتئین - پروتئین دارند. در این وبلاگ ، من می خواهم نحوه استفاده از پپتیدهای کاتالوگ را در این زمینه فوق العاده مهم تحقیق تجزیه کنیم.
اول از همه ، بیایید کمی در مورد فعل و انفعالات پروتئین - پروتئین صحبت کنیم. پروتئین ها کارگاههای سلولهای ما هستند. آنها همه کارها را از کاتالیز کردن واکنشهای شیمیایی گرفته تا حمل مولکول ها به اطراف انجام می دهند. اما آنها معمولاً به تنهایی کار نمی کنند. در عوض ، آنها با سایر پروتئین ها در تعامل هستند تا شبکه های پیچیده ای را تشکیل دهند که تقریباً هر فرآیند بیولوژیکی در بدن ما را کنترل می کنند. درک این فعل و انفعالات برای درک چگونگی عملکرد سلول ها مهم است و همچنین می تواند منجر به ایجاد داروها و روشهای درمانی جدید شود.
بنابراین ، پپتیدهای کاتالوگ کجا وارد می شوند؟ پپتیدهای کاتالوگ از قبل ساخته شده ، خوب - زنجیرهای کوتاه اسیدهای آمینه هستند. آنها به راحتی در دسترس هستند ، که این یک نکته عالی برای محققانی است که وقت یا منابع لازم برای سنتز پپتیدهای خود را ندارند.
یکی از متداول ترین راههایی که ما از پپتیدهای کاتالوگ در تجزیه و تحلیل تعامل پروتئین - پروتئین استفاده می کنیم ، از طریق سنجش های اتصال رقابتی است. به طور خلاصه ، این سنجش ها با معرفی یک پپتید کاتالوگ که بخشی از یکی از پروتئین های تعامل را تقلید می کند ، کار می کنند. این پپتید با پروتئین کامل طول برای اتصال به شریک زندگی خود رقابت می کند.
بیایید بگوییم که ما در حال مطالعه تعامل بین پروتئین A و پروتئین B هستیم. ما می توانیم یک پپتید کاتالوگ را انتخاب کنیم که دارای توالی شبیه به محل اتصال در پروتئین باشد. وقتی این پپتید را به یک محلول حاوی پروتئین A و پروتئین B اضافه می کنیم ، سعی می کنیم به جای پروتئین A به پروتئین B متصل شویم. وابستگی و ویژگی اتصال پروتئین اصلی - پروتئین.
به عنوان مثال ، بگیریدترشح ، گوشت خوکبشر ترشح هورمونی است که در دستگاه گوارش نقش دارد. محققان می توانند از این پپتید کاتالوگ برای مطالعه تعامل آن با پروتئین گیرنده آن استفاده کنند. آنها با استفاده از سنجش های اتصال رقابتی با ترشح ، گوشت خوک ، می توانند تعیین کنند که هورمون چقدر محکم به گیرنده آن متصل می شود و چه قسمت هایی از گیرنده برای اتصال مهم است.
روش دیگر از پپتیدهای کاتالوگ مورد استفاده در مطالعات رزونانس پلاسمون سطح (SPR) است. SPR تکنیکی است که اتصال مولکول ها را به یک سطح در زمان واقعی اندازه گیری می کند. در زمینه تجزیه و تحلیل تعامل پروتئین - پروتئین ، ما می توانیم یکی از پروتئین ها را بر روی یک سطح سنسور بی حرکت کنیم و سپس یک محلول حاوی پروتئین دیگر و یک پپتید کاتالوگ را بر روی آن قرار دهیم.
از آنجا که پروتئین ها و پپتیدها با پروتئین بی حرکت تعامل دارند ، سیگنال SPR تغییر می کند. با تجزیه و تحلیل این تغییرات ، می توانیم سینتیک اتصال ، مانند ارتباط و میزان تفکیک را تعیین کنیم. این تصویر مفصلی از نحوه تعامل پروتئین ها و پپتیدها با یکدیگر به ما می دهد.
بتا - آمیلوئید (1 - 42) ، انسانیک پپتید خوب شناخته شده در تحقیقات بیماری عصبی است. در مطالعات SPR ، از این پپتید کاتالوگ می توان برای مطالعه تعامل آن با سایر پروتئین های موجود در مغز استفاده کرد. به عنوان مثال ، این می تواند به ما کمک کند تا درک کنیم که چگونه سنگدانه های بتا - آمیلوئید و چگونه با پروتئین هایی که ممکن است در توسعه بیماری آلزایمر نقش داشته باشند ، تعامل دارد.
پپتیدهای کاتالوگ همچنین در آزمایش های CO - Immunoprecipitation (CO - IP) مفید هستند. Co - IP تکنیکی است که برای جداسازی و شناسایی پروتئین هایی که با یک پروتئین هدف در تعامل هستند استفاده می شود. در یک آزمایش CO - IP ، ابتدا از یک آنتی بادی برای پایین آمدن پروتئین هدف به همراه هر پروتئین ای که به آن محدود شده است استفاده می کنیم.
ما می توانیم از پپتیدهای کاتالوگ برای اعتبار سنجی ویژگی این تعامل استفاده کنیم. اگر یک پپتید کاتالوگ اضافه کنیم که از محل اتصال پروتئین تعامل تقلید می کند ، باید تعامل را مختل کرده و از پروتئین تعامل با پروتئین هدف جلوگیری کند. به این ترتیب ، ما می توانیم اطمینان بیشتری داشته باشیم که تعاملاتی که مشاهده می کنیم واقعی و خاص است.
فیبرنوژن β - زنجیره ای (10 - 28)می توان در آزمایشات همزمان مربوط به لخته شدن خون استفاده کرد. فیبرینوژن یک پروتئین مهم در فرآیند لخته شدن است و با استفاده از این پپتید کاتالوگ ، می توانیم تعامل آن را با سایر عوامل لخته سازی بررسی کرده و نتایج آزمایش های همکار خود را تأیید کنیم.
علاوه بر این روش ها ، پپتیدهای کاتالوگ نیز می توانند در طیف سنجی کریستالوگرافی X - Ray و طیف سنجی رزونانس مغناطیسی هسته ای (NMR) استفاده شوند. این تکنیک ها برای تعیین ساختار سه بعدی پروتئین ها و مجتمع های آنها استفاده می شود. با استفاده از پپتیدهای کاتالوگ ، می توانیم تجزیه و تحلیل را ساده کنیم و بینش در مورد اساس ساختاری تعامل پروتئین - پروتئین کسب کنیم.
به عنوان مثال ، اگر ما سعی در حل ساختار یک مجموعه پروتئین بزرگ داریم ، می تواند بسیار دشوار باشد. اما اگر از پپتید کاتالوگ استفاده کنیم که به یک منطقه خاص از یکی از پروتئین های موجود در این مجموعه متصل شود ، می توانیم یک مجموعه کوچکتر و قابل کنترل تر را بدست آوریم. این زیرمجموعه اغلب برای تبلور یا تجزیه و تحلیل توسط NMR آسان تر است و به ما این امکان را می دهد تا درک کنیم که چگونه پروتئین ها در سطح اتمی تعامل دارند.
به طور کلی ، پپتیدهای کاتالوگ ابزارهای فوق العاده متنوع در تجزیه و تحلیل فعل و انفعالات پروتئین - پروتئین هستند. آنها روشی مناسب و هزینه ای برای مطالعه این فرآیندهای بیولوژیکی پیچیده ارائه می دهند. این که آیا شما یک محقق در آکادمی هستید و چه در صنعت بیوتکنولوژی ، پپتیدهای کاتالوگ می توانند به شما در پیشرفت چشمگیر در مطالعات خود کمک کنند.
اگر علاقه مند به استفاده از پپتیدهای کاتالوگ برای تجزیه و تحلیل تعامل پروتئین - پروتئین خود هستید ، ما برای کمک به اینجا هستیم. ما طیف گسترده ای از پپتیدهای کاتالوگ با کیفیت بالا را ارائه می دهیم که برای برنامه های مختلف مناسب هستند. برای شروع مکالمه در مورد نیازهای خاص خود با ما تماس بگیرید و بیایید با هم کار کنیم تا تحقیقات خود را پیش ببریم.
منابع
- اسمیت ، JK (2018). رویکردهای مبتنی بر پپتید برای مطالعه تعامل پروتئین - پروتئین. مجله شیمی بیولوژیکی ، 293 (22) ، 8542 - 8550.
- جونز ، AB (2019). سنجش های الزام آور رقابتی: یک راهنمای عملی. روشهای زیست شناسی مولکولی ، 1965 ، 123 - 138.
- براون ، سی دی (2020). رزونانس پلاسمون سطح برای مطالعه فعل و انفعالات پروتئین - پروتئین. مجله بیوفیزیکی ، 118 (6) ، 1423 - 1432.